Batı Trakya Türklerin eline miladi 1363 yılında geçmiştir. Sultan Birinci Murad Rumeli fütuhatına devam ederken ünlü kumandanlarından Gazi Evrenos Paşa’yı Batı Trakya, Lala Şahin Paşa’yı da Bulgaristan dolaylarını fetihle görevlendirmiştir. Her iki kumandan da görevlerini kısa süre içinde büyük bir başarı ile yerine getirmişlerdir.
Fetihten sonra Balkanlar’a bir Türk akını başlamıştır. Anadolu’nun Konya, Aydın, Balıkesir illerinden binlerce Türk ailesi buralara yerleştiriliyor, Osmanlı politikası gereği, Balkanlar’ın Türkleşmesi sağlanmıştır.
Batı Trakya’ya 1363 yılından önce de Anadolu’dan bazı Müslüman Türk boylarının gelip yerleştiği bilinmektedir. Fakat bu yerleşme, Bizans hizmetinde paralı bir görev niteliğinde olduğu için fetih anlamı taşımaz. Bu sebepledir ki Batı Trakya’daki Türk varlık ve hâkimiyetinin başlangıç tarihi 1363 kabul edilmektedir.
Osmanlılar Batı Trakya’ya girer girmez, derhal bir imar faaliyetine girişmişlerdir. Çok geçmeden bölge han, hamam, camii, medrese, imaret, köprü gibi sayısız mimarî eserlerle süslenmiş, güzelleşmiştir. Halk uzun yıllar uyruk ve egemenlik farkı duymaksızın karşılıklı anlayış, sevgi, huzur ve refah içinde yaşamıştır. Osmanlı devrinden kalma mimari eserler, yapılar hâlâ Yunan makamlarınca kullanılmaktadır ve geniş çapta ihtiyaçlarını karşılamaya devam etmektedirler.
Batı Trakya 1363 yılından 1913 yılına kadar aralıksız tam 650 sene Türk hakimiyetinde kalmış, üzerinde taşıdığı sayısız tarihî eseri ile, altında sakladığı binlerce şehidi ile gerçek vatan olmaya en layık topraklardan biridir.
Batı Trakya’nın fetihten sonraki nüfus durumu hakkında pek fazla bilgi bulunmamaktadır. Fakat çevredeki eski Müslüman ve Hıristiyan kabirlerine göre bir hüküm vermek gerekirse, Türklerin ilk yıllarda da çoğunluğu ellerinde tuttuğu rahatlıkla söylenebilir.
Osmanlı yönetimine geçişinden itibaren Batı Trakya, Osmanlı idarî teşkilatında Rumeli eyaleti içerisinde yer almıştır. 93 Harbi denen 1877-1878 Osmanlı Rus Savaşı sonunda imzalanan (3 Mart 1878) Ayastefanos Antlaşması ile Doğu kısmı Bulgaristan’a bırakılmış, Antlaşma’nın kırkıncı gününde 14 Nisan 1878’de Çirmen yakınlarında işgal kuvvetlerine karşı ilk direniş başlamıştır. Bu direniş kısa zamanda Balkan sıradağlarıyla Ege Denizi arasında kalan bölgede yaşayan bütün Türklere yayılarak Rus ve Bulgar işgaline karşı bir Silâhlı ayaklanmaya dönüşmüştür. Batı ve Kuzey Trakya ile Rodoplar tamamen Türk ihtilalcilerinin hareket sahası olmuştur. Ayaklanan halkın maksatlarını öğrenmek ve onları yatıştırmak üzere Rus memurlarıyla birlikte İstanbul’dan da Serasker Kapısın Hassa Meclisi azasından Sâmi Paşa ile Vasa Efendi bölgeye gönderilmiştir. Stanimaka civarında Osmanlı ve Rus temsilcileriyle görüşen Türk milli hareket reisleri, Osmanlı idaresinden başka bir idare altına girmeyeceklerini ve Osmanlı toprağında Rus askeri bulundukça silahlarını bırakmayacaklarını bildirmişlerdir. Bunun üzerine Ahmet Ağa Timirski adında bir kişinin önderliğinde Batı Trakya geçici hükümeti kurulmuştur. Bu hareket Türk halkı arasında bir uyanış ve yeniden dirilmeye işaret olmuştur. Bâbıâli’ye basına ve yabancı devletlere verilen muhtıraların ve yapılan müracaatların genellikle yirmi beş-otuz halk vekili ve 100 kadar köy meclisi ve müdürlerinin mühürlerini taşıması, bu ayaklanmanın bir halk hareketi olduğunu göstermektedir.
Batı Trakya ve Rodoplar’daki bu Türk ayaklanması Avrupa devletlerinin de dikkatini çekmiş ve Ayastefanos Antlaşması’nı değiştiren 13 Temmuz 1878 tarihli Berlin Antlaşması’yla Şarkî Rumeli imtiyazlı vilâyetinin kurulmasında hiç şüphesiz etkili olmuştur. Bu vilâyetin kurulmasıyla bir dereceye kadar rahatlayan Türkler vilâyetin 1885’te Bulgaristan’a ilhakından sonra yeniden ayaklanmışlar ve sonunda Osmanlı Devleti’ne katılmaya muvaffak olmuşlardır.
Batı Trakya’daki Türk nüfusu, en yüksek seviyeye 93 Harbi diye anılan 1877-1878 Osmanlı Rus Harbi ile onun ardından patlak veren Balkan Savaşı yıllarında ulaşmıştır. Tuna boylarındaki yüz binlerce Türk ailesi düşman elinde kalmamak için evini, toprağını terk ederek yollara düşmüştür. Tersine akan bir nehir gibi kar, çamur demeden aç ve sefil günlerce yürümüşler, fakat bunların bir kısmı yollarda kırılmışlardır. Gücü yetip kaçabilenler ise ilk fırsatta, Batı Trakya’ya sığınmışlardır.
Evler, camiler, sokaklar Türk göçmenleri ile dolup taşmıştır. O yıllarda Batı Trakya’daki Türk nüfusunun bir milyona yaklaştığı varsayılmıştır.
Balkan Harbi sonunda Batı Trakya Bükreş Muahedenâmesiyle (10 Ağustos 1913) Bulgaristan’a bırakılmıştır. Türkler üzerindeki Bulgar baskısı da günden güne artmıştır.
15 Ağustos 1913’te Rodoplar’da Batı Trakya’da Bulgar mezaliminin umulmadık bir şekilde devam etmesi üzerine Edirne’ye çekilmiş olan Türk akıncı müfrezelerinden umumî çeteler kumandanı Eşref Kuşçubaşı 116 kişilik bir gönüllü grubu ile Batı Trakya’ya girerek Bulgaristan’a karşı oradaki Türkleri organize ederek bütün ümitlerin kaybolduğu anda, yeni bir Hacı İlbey destanı yaratmıştır. Bölgedeki Türkler kısa zamanda ayaklanıp duruma hâkim olmuşlardır. Bugün Bulgaristan’ın güney kesimini oluşturan Rodoplar bölgesiyle Yunanistan’ın idaresinde bulunan Batı Trakya’yı ve Makendonya’nın da bir kısmını içine alacak şekilde batıdan Struma Karasu’ya kadar ulaşan bölgeyi kontrolleri altına almışlardır. 31 Ağustos 1913’te merkezi Gümülcine olmak üzere Garbî Trakya Hükümet-i Muvakkatesi ilan edilmiştir. Müderris Salih Efendi’nin başkanlığında kurulan hükümet Dedeağaç’ın alınmasından sonra Garbi Trakya Müstakillesi adıyla bağımsızlığını ilan etmiştir. Cumhuriyet’in sınırları doğuda Meriç nehri, batıda Struma Karasu, kuzeyde 1912 Balkan Savaşlarından önceki Kırcaali-Robçoz hattı ve güneyde de Ege Denizi’ne ulaşmaktaydı.
Türklerin bu başarısı Bulgarların şikayetlerine sebep olmuştur. Büyük devletlerin müdahalesi yüzünden Osmanlı hükümeti de Batı Trakya Hükümet-i Müstakillesi’ni desteklememiş ve 29 Eylül 1913 tarihli İstanbul Muahedesi ile Batı Trakya Bulgarlara bırakılmıştır. 25 Ekim 1913’e kadar Bulgaristan’a teslim şart koşulan Batı Trakya’da Garbi Trakya Hükümet-i Müstakillesi varlığını ancak elli yedi gün sürdürebilmiştir.
I. Dünya Savaşı sırasında 30 Temmuz 1915 tarihinde Yüzbaşı Fuat Balkan’ın sevk ve idaresinde Drama’da Batı Trakya Kurtuluş Komitesi kurulmuştur. Daha sonra Fuat Balkan’ın İstanbul’a çağrılması üzerine 27 Eylül 1917’de Kavala’dan İstanbul’a hareket etmesiyle bu teşebbüs de başarısız kalmıştır. Mondros Mütarekesi’nin imzalanmasından sonra (30 Ekim 1917) 10 Kasım 1918’de İstanbul’da bulunan Batı Trakyalıların düzenlediği bir kongrede alınan kararla Batı Trakya Müdâfaa-i Hukuk Cemiyeti kurulmuştur. Bu cemiyet, İtilaf Devletleri adına Fransız kuvvetlerinin Batı Trakya’yı işgali (22 Mayıs 1920) Gümülcine’nin kuzeyinde Hemetli’de Türkler Batı Trakya hükümetini kurmuşlar (27 Mayıs 1920), Peştreli Tevfik Bey’in başkanlığında kurulan bu hükümet bölgenin Yunanlıların eline geçmesiyle dağılmıştır.
Batı Trakya Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti Batı Trakya’yı üç ana bölge halinde ayırmıştır. Bunlardan Yunanistan Batı Trakyası Drama, Kavala, Sarışaban, Pravişte, Serez, Zelava ve Demirhisar kazalarından; Bulgaristan Batı Trakyası Kırcaali, Koşukavak, Ortaköy, Gümülcine Platosu, Darıdere, Paşmaklı, Robçoz, Nevkekop ve Razlımık kazalarından; Batı Trakya olarak nitelenen kısım ise Gümülcine, Dedeağaç, Sofulu ve İskeçe kazalarından meydana gelmekteydi.
Fransız kuvvetlerinin bölgeden çekilmesinden sonra Batı Trakya Yunanistan’ın eline geçmiştir. 24 Temmuz 1923 tarihli Lozan Antlaşması’yla Batı Trakya Türklerinin statüleri yeniden belirlenmiştir.4
Böylece Batı Trakya’daki Türk hakimiyeti Batı Trakya’yı Yunanistan’ın elde etmesiyle Türk hakimiyeti sona ermiştir.